―――　天正十年六月二日(1582年6月2日)、早朝。
 

京都本能寺にて織田信長が、家臣明智光秀の謀反によって暗殺される。
世に言う、本能寺の変である。
が、その時、謎の隕石が本能寺に落下、激突したが、折からの大炎上に気付く者は誰一人居なかった。

時は移って、幕末。
土佐の坂本竜馬は目の前で上士に親友を殺されてしまう。
竜馬はこの時決心する。
身分制度のない新しい日本を作る、と。

同じ頃、江戸城上空に巨大な鉄甲船が現れる。

乗っていたのは、織田信長。
信長は江戸城内にその姿を現すと、将軍家茂にその座を譲るように迫る。
期限は三日。
三日以内に将軍職を譲らない場合は空飛ぶ鉄甲船で江戸の街を破壊すると脅す。

家茂は勝海舟に相談。
海舟は、竜馬と新撰組の沖田総司と土方歳三を呼び出し、協力を要請する。

竜馬と海舟は緊急作戦会議で改造した咸臨丸を飛ばすことに決定する。

大江戸軍艦咸臨丸が遂に発進。
遂に海舟、竜馬、以蔵、総司、歳三対信長の最終決戦の火蓋が切られる。
 

その時、姿を現したのは、異星人に改造されたもう一人の信長、メカ信長であったッ!!
果たして、竜馬たちは信長に勝てるのか!?
 

日本の夜明けはまだ見えない…。